御質問がいくつか複合していますので一つ一つお答えさせていただきます。

ワイヤーが常によくあたり口内炎が出来るということですが、ほっぺたの粘膜が他の患者様よりも繊細で過敏なのかもしれません。歯の後ろから針金が飛び出ている、引っ張っているゴムがねじれている、矯正器具のフックがほっぺた側にでている、ワイヤーの曲げ部分がほっぺた側に飛び出ている、結んだ針金の先がでている、などはすべて口内炎につながります。治療したその場で指で触ったり、鏡をもう一度見て確認し、少しでも不安な箇所があればその場で改善してもらうとずいぶん良くなります。また矯正器具に貼るワックス、口内炎のお薬、ビタミン剤の服用なども効果的です。お口の中を常に清潔に保つことも口内炎を防ぐことになります。

2年の矯正治療が3年に延びてしまったということですが、時間が延びる要素として一番大きいものは、歯の動く速度です。人それぞれの歯の動く速度があり、歯の移動量がゆっくりなのかもしれません。ゆっくりと動く歯に対して、早めて治療しますと歯を痛めてしまうので、ゆっくりと治療した結果、時間がかかったのかもしれません。担当医の先生も治療期間が延びる理由と説明を少し前もって説明していけばよかったのかもしれませんね。真ん中のラインが5ミリもずれているのは、文章からだけですとわからないところがあります。もしかしたら、下あごの長さの左右差があるのかもしれません。あごの長さの左右差は歯の真ん中のずれとなって影響が出てきます。
歯の間に隙間がたくさん残っているということですが、隙間を残して治療が終わることはありません。担当医の先生は最後には閉じて綺麗なかみ合わせにするでしょう。
治療途中にタイミングよく聞いてみてください。担当医の先生から必ず隙間は閉鎖しますという言葉が返ってくるとおもいます。

治療期間の延長、真ん中がずれている、などは個人的なお口の中の要素があまりにも大きく推測でこの度お答えしました。お答えの中から少しでも疑問の解消につながればありがたいです。